Η ποινική δίωξη ασκήθηκε μετά από μήνυση που είχε καταθέσει η πρώην Εισαγγελέας κατά της Διαφθοράς, Ελένη Τουλουπάκη. Ο Ιωάννης Αγγελής είναι βασικός μάρτυρας κατηγορίας στην υπό διερεύνηση υπόθεση για του πρώην υπουργού Δικαιοσύνης Δημήτρη Παπαγγελόπουλου για το σκάνδαλο της Novartis.

Ο Ιωάννης Αγγελής διώκεται με το αδίκημα της παράβασης καθήκοντος, το οποίο αφορά, σύμφωνα με δημοσιεύματα, στο ταξίδι του στη Βιέννη τον Δεκέμβριο του 2018, μαζί με ομάδα εισαγγελέων κατά της Διαφθοράς και τη συνεργασία με εισαγγελείς των ΗΠΑ για τη διερεύνηση του σκανδάλου της Novartis.

Σύμφωνα με τη μήνυση της Ελένης Τουλουπάκη, κατά τη διάρκεια εκείνων των συναντήσεων, ο Ιωάννης Αγγελής, αρνήθηκε, ως επόπτης της Εισαγγελίας κατά της Διαφθοράς, να παραλάβει ύποπτο λογαριασμό συγγενικού προσώπου ενός εκ των πολιτικών που διερευνούσε η δικαιοσύνη για την υπόθεση της Novartis, καθώς όπως ο ίδιος ισχυρίστηκε επειδή αυτή η διαδικασία έπρεπε να γίνει μέσω της Eurojust.

Ο Ιωάννης Αγγελής σε υπόμνημα που είχε καταθέσει στην Εισαγγελία Πρωτοδικών, φέρεται να είχε υποστηρίξει ότι είναι ψευδές πως αρνήθηκε να παραλάβει στοιχεία για την υπόθεση της Νοvartis. Ισχυριζόταν όμως, πως ακόμα και αν οι καταγγελίες ήταν αληθείς, για να στοιχειοθετηθεί το αδίκημα θα έπρεπε να εξεταστεί αν η πράξη της «παράβασης καθήκοντος» τιμωρείται με βάση το δίκαιο της Αυστρίας, ενώ θα έπρεπε να είχε υποβληθεί έγκληση από την ελληνική κυβέρνηση, κάτι το οποίο δεν έγινε ποτέ.