Ποινική δίωξη για σοβαρότατα αδικήματα σε βάρος του πατέρα Αντωνίου αλλά και εργαζομένων στην Κιβωτό του Κόσμου ασκήθηκε από την εισαγγελία. Ο μέχρι πρότινος επικεφαλής της ΜΚΟ είναι τώρα υπόλογος για βαρύτατα αδικήματα σε βάρος ανήλικων τροφίμων των δομών.

Με βάση την δικογραφία που σχημάτισε η Εισαγγελία Ανηλίκων, ο πατέρας Αντώνιος καθίσταται πλέον κατηγορούμενος για το κακούργημα της κατάχρησης ανηλίκων σε ασέλγεια κατά συρροή και κατ' εξακολούθηση, με χρόνο τέλεσης των πράξεων που του αποδίδονται από τον Σεπτέμβριο του 2020 έως τον Ιανουάριο του 2022.

Στη δικογραφία περιλαμβάνεται η υπόθεση ενός 19χρονου πρώην φιλοξενούμενου σε σπίτι της Κιβωτού στην επαρχία και ενός 15χρονου αγοριού που φιλοξενείται ακόμη και σήμερα σε δομή της ΜΚΟ, οι οποίοι κατήγγειλαν τον κατηγορούμενο στις αρχές για σεξουαλικές πράξεις σε βάρος τους.

Η δικογραφία για το κακουργηματικού βαθμού αδίκημα σε βάρος του πατέρα Αντώνιου διαβιβάστηκε ήδη σε Ανακριτή ενώπιον του οποίου θα κληθεί σε απολογία ο ιδρυτής της Κιβωτού.

Παράλληλα σε βάρος του πατέρα Αντωνίου και επτά υπαλλήλων της Κιβωτού, τρεις από χώρους στην Αθήνα, δύο από τον Βόλο και δύο από τη Χίο, ασκήθηκε ποινική δίωξη για πλημμελήματα που αφορούν κακοποιητικές συμπεριφορές, όπως σωματικές βλάβες με διάφορους βαθμούς ποινικής επικινδυνότητας, όπως επικίνδυνες σωματικές βλάβες, απλές σωματικές βλάβες, αλλά και για το αδίκημα της έκθεσης ανηλίκων σε κίνδυνο. Για τις παραπάνω κατηγορίες, ηθικός αυτουργός θεωρείται ο πατέρας Αντώνιος.